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案例頻道

基于LabVIEW的顯微熒光光譜成像系統(tǒng)
  • 企業(yè):美國國家儀器(NI)有限公司     領(lǐng)域:SCADA-RTU     行業(yè):制藥/醫(yī)療    
  • 點擊數(shù):2380     發(fā)布時間:2009-12-09 20:24:05
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    "在NI視覺開發(fā)模塊的基礎(chǔ)上所開發(fā)的顯微熒光光譜分析軟件能夠?qū)Σ杉瘉淼膱D像進行相關(guān)圖像處理與光譜信息分析。"

顯微熒光光譜成像系統(tǒng)的組成

顯微熒光光譜成像系統(tǒng)(MFSIS)包括以下幾個部分:光源,分光系統(tǒng),熒光顯微鏡,圖像適配器,高性能制冷CCD攝像器件,圖像采集卡,圖像生成與處理、圖像顯示等,系統(tǒng)結(jié)構(gòu)如圖1所示。



圖1   顯微熒光光譜成像系統(tǒng)結(jié)構(gòu)

工作過程:高功率單色激發(fā)光源激發(fā)顯微鏡下樣品,使之發(fā)射出特定的生物熒光.依據(jù)Stocks定律,熒光波長大于激發(fā)光波長,采用光譜分光元件可以從光譜上將二者分開。在系統(tǒng)中可以通過對線性可變單色濾光片LVF的精確位移控制實現(xiàn)光譜分辨。通過LabVIEW軟件控制系統(tǒng)硬件改變其位置,并觸發(fā)圖像采集系統(tǒng)同步工作,即可獲取序列圖像—光譜圖像立方體。采集圖像信號并進行處理后,就能夠獲取微區(qū)熒光光譜掃描譜圖的詳細信息。使用在NI視覺開發(fā)模塊的基礎(chǔ)上所開發(fā)的顯微熒光光譜分析軟件能夠?qū)Σ杉瘉淼膱D像進行相關(guān)圖像處理與光譜信息分析。

顯微熒光光譜成像系統(tǒng)主要有三大功能模塊構(gòu)成:基于LVF的分光系統(tǒng)控制模塊、序列圖像采集模塊和光譜圖像處理與分析模塊。

分光系統(tǒng)控制模塊

    光譜儀器的核心部分是色散系統(tǒng),這是因為光譜儀器的四個最主要的基本特征即工作光譜范圍、色散率、分辨率和集光本領(lǐng)都決定于色散系統(tǒng)。本系統(tǒng)采用美國OCEAN公司的線性可變?yōu)V光片(LVF)作為色散元件,實現(xiàn)光譜阻斷或者通過。

分光系統(tǒng)的軟件部分主要是利用LabVIEW的串口工具來控制LVF的運動。主要功能包括:

系統(tǒng)復(fù)位

往復(fù)運動與指定波長位置

步進工作:按照給定的間隔步長,由按鍵控制電機步進

行程控制與精確定位

軟件系統(tǒng)中的控制窗口如圖2所示。運行時的操作過程為:給定set value的值,電機可以直接運行到指定的波長值,并且在current wavelength處實時顯示當前波長,然后根據(jù)給定的step值,點擊step按鈕,進行電機的步進。根據(jù)需要,可以隨時進行中斷并復(fù)位。運行過程中,通過busy指示燈控件反映運行的信息,當程序運行正常時,指示燈閃爍,提示等待信息;當程序發(fā)現(xiàn)錯誤時,指示燈停止閃爍,提示欄會提示錯誤原因。以便及時更正錯誤信息。



分光系統(tǒng)的控制

序列圖像采集模塊

顯微序列圖像的采集采用了美國Pixera公司的150CL型高性能冷CCD,配備圖像采集卡,但是該卡無LabVIEW驅(qū)動程序。本文中利用LabVIEWDLL動態(tài)函數(shù)調(diào)用功能,通過對Pixera公司提供控制SDK包的調(diào)用,實現(xiàn)了圖像采集的曝光時間設(shè)置、自動增益調(diào)節(jié)、自動對焦、積分時間調(diào)整、黑/白平衡、彩色/灰度切換以及CCD靈敏度設(shè)置等多項功能。本文設(shè)計了圖像采集的必備子VI,其中包括CCD驅(qū)動、圖像靈敏度、制冷控制、熒光快速模式等,并將CCD采集到的圖像數(shù)據(jù)自動存入一臨時文件,采用ReadFileVI,讀取該JPEG格式的圖像文件,顯示在位于面板右側(cè)的圖片顯示區(qū)中。

除采用軟件控制外,通過一個手動按鈕控件。控制采集卡的圖像CCD采集工作,自動完成圖像數(shù)據(jù)采集、存儲和顯示。此系統(tǒng)工作簡便,快速,實時性強,能夠很好地配合整個系統(tǒng)工作。

光譜圖像模塊

    顯微熒光光譜曲線的繪制是本系統(tǒng)的特點之一。如圖3所示,經(jīng)過光譜掃描得到的序列圖像形成光譜立方體,其中從第0幅圖到第i幅圖分別對應(yīng)不同的波長值,居于圖像中心的像素波長值分別為:λ00,λ00,……,λ0i。對于每幅圖象任意像素點,通過光譜計算可以確定其對應(yīng)的波長值和光強度值,由此實現(xiàn)繪制圖像上任意點的光譜曲線。



圖 3  序列圖像的光譜構(gòu)成

以下以FluorCell#2熒光分子探針顯微熒光光譜成像為例。首先在鏡下調(diào)整成像的照明、CCD靈敏度、手動調(diào)焦,選擇需要細節(jié)觀察的細胞區(qū)域。然后設(shè)定光譜立方體所需要的熒光采集參數(shù)、波長步進值、圖像內(nèi)存區(qū)、光譜分光速度等,啟動序列圖像采集,系統(tǒng)將自動按照設(shè)定波長獲取相應(yīng)的光譜圖像序列,并將之存儲在指定目錄下,該目錄自動設(shè)定為當前年月日時分,采集完成后可按照要求更改。系統(tǒng)工作界面如圖4


圖4 
Fluorcell#2的光譜圖像采集

完成圖像立方體采集后,選擇任意波長圖像上感興趣的一個區(qū)域,然后通過計算,以該區(qū)域上每個像素點的強度中值或平均值為縱坐標,波長值為橫坐標,便繪制出了光譜曲線,也稱為“面域光譜”,如上圖中右下角曲線中的白點。所選定的區(qū)域還會被標記在系統(tǒng)的顯示面板上。

此外,考慮到圖像立方體中圖像的個數(shù)有限,容易造成曲線的不平滑。所以,我們對光譜曲線進行擬合,采用三次樣條內(nèi)插的方法,使整個曲線看起來更加平滑。如圖中右下方的曲線中紅線。

除光譜曲線繪制的功能外,軟件還增加了一些基本的圖像處理功能,用來針對圖像立方體中某一幅圖像進行處理。主要有以下功能:彩色圖像顯示,RGB直方圖,RGB閾值分割,灰度圖顯示,三維圖,反相圖,圖像增強(圖像均衡化,低通濾波,高斯濾波,平滑濾波),邊緣銳化(拉普拉斯),灰度直方圖,灰度閾值濾波,面積計算與統(tǒng)計,直線強度分布圖。此外,為了方便對圖像立方體中圖像的整體了解,本系統(tǒng)設(shè)置了圖像的Flash顯示。即,按照一定的時間間隔,順序顯示多光譜圖像。從效果來看,類似動畫播放,使觀察者對圖像上目標的動態(tài)信息變化有更好地了解。這種方法同樣可以應(yīng)用于細胞形態(tài)變化的觀察。

應(yīng)用實驗

1.梔子提取物抗病毒性研究

中藥梔子性味苦寒、歸心肺三焦經(jīng),能瀉火除煩、清熱利尿、涼血解毒,具通瀉三焦火邪的功效,是中醫(yī)藥用于治療溫毒疫病的要藥。病毒感染特性:病毒的感染有賴于病毒吸附蛋白(virus attachment proteinVAP )對細胞表面受體的吸附。病毒吸附蛋白是啟動病毒與宿主細胞之間相互作用、建立感染損傷細胞的必然途徑。

病毒與細胞受體的結(jié)合可以用熒光標記,將培養(yǎng)的人喉癌上皮傳代細胞Hep-2和病毒作用分為三組:

1)實驗對照組y1,只加病毒,不加藥

2)先吸附,后加藥組y2

3)先加藥,后吸附組y3

每組按照時間間隔2秒采集圖像,得到各組的時間序列圖像組,并利用熒光光譜分析系統(tǒng)對圖像組進行分析:

  1. 首先以兩秒為時間間隔,分別對三組細胞圖像進行采集,各采10幅圖。
  2. 然后對采集來的圖像進行均衡化,平滑濾波以及高斯濾波。
  3. 在濾波后的圖像上選擇目標區(qū)域,并將所選區(qū)域以及該區(qū)域?qū)?yīng)的原始圖像區(qū)域進行顯示與保存。
  4. 對圖像進行閾值濾波,以減去細胞外的背景信息。
  5. 求得閾值濾波后細胞的像素面積。
  6. 分別比較三種情況下細胞面積的變化。

              

圖5 Hep-2細胞抗病毒顯微光譜分析

如圖5所示,可以發(fā)現(xiàn)細胞在只加入病毒,和同時加入病毒和藥物兩種情況下變化趨勢是不同的。前者,細胞在形態(tài)上沒有明顯的變化,而后者細胞在形態(tài)上都存在較大變化,呈變大的趨勢。因此,可以認定加入梔子提取物對病毒的抑制作用很明顯。

2.茶葉熒光性綠斑病的研究

在日照、臨沂和泰安等地、市的茶園中,普遍發(fā)生一種茶樹成葉病害,其主要癥狀表現(xiàn)為:葉片下表皮局部異常凸起,呈綠色,而且病斑處在光照下能發(fā)綠色熒光,如圖6所示。



圖6  茶葉的綠斑病

通過對病害癥狀演化的系統(tǒng)觀測發(fā)現(xiàn):此病害具有發(fā)綠色熒光的特性,且隨病害程度的加重,熒光增強,容易與其它一般病害的癥狀區(qū)分開來。所以,掌握和利用這一特性可以幫助我們正確辨認此種病害。我們選定其中一病變區(qū)域的熒光測定光譜如圖7




圖7   病變區(qū)熒光光譜

總結(jié)

顯微熒光光譜成像技術(shù)是顯微光譜成像技術(shù)中一種常用的方法,對于能夠產(chǎn)生自體熒光和激發(fā)熒光的物質(zhì)來說,顯微熒光光譜成像技術(shù)具有顯著的優(yōu)勢,包括無創(chuàng)性,可視性,精確性等特點。

本文基于LabVIEW軟件構(gòu)建的顯微熒光光譜分析系統(tǒng),實現(xiàn)了數(shù)字圖像采集、圖像處理及生物醫(yī)學中光譜圖像分析等功能。系統(tǒng)功能結(jié)構(gòu)復(fù)雜,所有工作在一年時間內(nèi)完成,相比MSDN來說,大大節(jié)約了開發(fā)時間,且界面清潔美觀、操作方便。

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