自主創新的關鍵是要將科技成果轉化為現實生產力，把知識、技術轉變為物質財富，形成規模產業，推動產業結構的優化升級。然而，我國科技成果轉化的多年難題在于，如何把“深藏閨中”的科技成果“請出去”，與市場資源實現有效對接。尤其是在加快轉變經濟發展方式，推動產業結構優化升級的今天，科技成果轉化已經成為各地政府的工作重點。在此方面，北京市與中科院經過十多年的實踐為我們樹立了院市合作的典范。
為貫徹落實北京市政府與中科院新一輪戰略合作協議，雙方圍繞電子信息、生物醫藥、新材料、新能源、環境保護和資源循環利用、文化創意等首都重點發展領域，并積極推動重大科技研發與轉移轉化項目在京落戶。同時，在中關村科學城、奧運科學園以及中科院北京懷柔科教產業園的建設，聯合實施科技奧運項目、促進中科院科技成果轉化與規模產業化方面展開廣泛合作，推動北京工業技術支撐與產業促進平臺、中關村開放實驗室、首都科技條件平臺等建設工作。
經過多年的探索，北京市與中科院形成了相互信賴、共同支撐的緊密合作關系，建立了有利于技術轉移的平臺架構，有力地驅動了院市合作及科技成果產業化進程。如中科院與燕山石化的合作的“油品在線優化自動調合”、“油品脫烷酸”、“乙二醇清潔新工藝”等5個重大科技項目的實施，每年將為企業新增億元以上的經濟效益；“大屏幕激光顯示”、“龍芯CPU技術及系列產品”和“納米綠色制版技術”等產業化項目已正式落戶中關村科技園區；山西煤化所“煤制油”重大產業化項目落戶懷柔開發區。
據不完全統計，2006—2009年中科院科研機構共有1107項科技成果應用于北京企業，其中產業應用類科技項目產生的銷售收入54.7億元；此外，在北京市的大力支持下，中科院已在北京初步規劃形成具有不同格局和特色的“3+1”科研功能區，即中關村科技園、奧運科技園、懷柔科教產業園及唐家嶺北京新技術基地。“3+1”格局的形成與完善，將為院市未來的科技合作提供堅實的保障和支撐。
在多年的合作中，雙方不斷開展技術創新、管理創新和商業模式創新，組織推動中科院重大科技成果在北京轉移轉化，服務首都經濟發展，有力地提高了北京市的科技創新力。更為重要的是探索出了院市合作的有效模式和機制，為北京建設世界城市提供了源源不斷地動力。
在雙方今后的合作中，需要全面深入推進中科院科研成果在京轉化，加強改革創新，建立溝通和資金等方面新的機制，著力破解制約技術創新的主要瓶頸；不斷加強重大項目合作，聚焦戰略性新興產業和高新技術產業化重點領域；聚焦企業自主創新能力建設，充分發揮市場在創新資源配置中的基礎性作用；進一步深化院市合作機制，把首都良好的創新環境優勢與中科院人才密集的優勢有機結合，構建完整的科技創新價值鏈，努力推動院市合作邁上新臺階，為首都經濟社會發展做出新貢獻。
